A.Soosaar ¤¤ Märkmeid füsioloogiast 2022–
Transportoom — veel üks organismi horisontaalse preparatsiooni katse
Sel nädalal tehti Ameerika füsioloogide seltsi ajakirjas Physiology kokkuvõte transportoomikast, mis on üks üpris noor rakubioloogia ja füsioloogia valdkond. Transportoom on ühe organismi membraanide kanalivalkude ja transporterite kogum, mida üritatakse terviklikult kirjeldada suure läbilaskvusega (high throughput, HT) rakubioloogia meetoditega. Inimese puhul kuuluks komplekti umbes 1000 geeni, mis omakorda determineerivad ca 450 transporterit, 320 ioonkanalit, 90 ATPaasiga seotud pumpa, 50 ABC tüüpi pumpa ja 14 akvaporiini. Nagu näha, kuuluvad transportoomi valgud, mille kaudu saavad läbi bioloogiliste membraanide liikuda valgud, mis lipiidset kaksikkihti läbivad viletsasti ning nende omaduste mõjutamise teel saab transpordiprotsesse mitmekesiselt reguleerida. Teiseks on tegemist järjekordse oomikalise revolutsiooni ilminguga, mis püüab organismide valke mingi funktsionaalse tunnuse alusel (organismi vaatepunktist horisontaalselt) kirjeldada geenist lähtuvalt (siin leidub ka teatud kogus vertikaalset protsesside kulgu) . FA Ruffinati & Co tuvastasid artiklis, et Pubmed pakub transportoomi päringule seni vastuseks 82 tööd, millest 53 on uurimused, millest omakorda 34 tegelevad suurema membraani transportvalkude kogumiga, mida siis võiks transportoomiks kutsuda ning esimene neist pärineb 2003. aastast. Nii et tõesti on tegemist päris värske kraamiga ning selles tegutsejaid ei ole kuigi palju. Ei ole vähimatki kahtlust, et tegemist väga põneva ja olulise füsioloogia valdkonnaga, millel on tublisti rakenduslikku potentsiaali närvisüsteemi, vererakkude, regeneratsiooni ja kasvajate mõistmisel ja protsesside ohjamisel. Olulist informatsiooni valkudega seotud membraani transpordi tagajate kohta on saadud küll ja veel, kuid tagaplaanile on seni jäänud protsesside füsioloogilise olemuse aspekt. Siiski on edasiminek ja uute teadmiste saamise viis ja hulk muljetavaldav ja nagu ikka füsioloogia ajaloos, innuga on uuritud ikka seda, mida teaduslik metoodika üldse võimaldab uurida. Küllap saab sellisel moel kindlaks teha bioloogiliste süsteemide struktuursed piirid, s.t teada, millised struktuursed elemendid üldse süsteemis esinevad ning struktuursete elementide mõjutamise teatud viisid. Transportoomika senist deskriptiivsust tunnistavad ka artikli autorid ning pisut üllatav on oma ala entusiastide lugu lõpetav kurtmine, et süsteemsemat ja holistlikku käsitlust transportoomi kohta veel polegi. Ega siiski selle üle väga imestada ei olegi, sest asjaga on suht lühikest aega tegeldud ning senine metodoloogia olnud üldine valgubioloogia ioonide liikumise mõistmisel nii olulised elektrofüsioloogia meetodid ei olegi veel tehnilise keerukuse tõttu suure mahuga valgu uuringutes kasutusele võetud. Sestap tekitab transportoomika hetkeseis mitmeid füsioloogia ja kogu bioloogia jaoks olulisi küsimusi, näiteks
¤ Kas raku või organismi transportoom on üldse vaadeldav ühtse funktsionaalse tervikuna?
¤ Või teistmoodi küsides, kas saab üldse rääkida transportoomi stabiilsusest ja selle enda homöostaasist?
¤ Kui vastused kahele eelmisele küsimusele peaksid positiivsed olema, siis raskeks küsimuseks kujuneb vastavate põhjuslike seoste tuvastamine.
PS. Vahvat keelemängu on näha transportoomi alaosa channelome‘i eestindamisega, sest ei kanaloom, kanne(l)loom ega tšänne(l)loom ei tundu kuigi ahvatlevad olema, aga ega eestikeelse sõnata hästi hakkama ei saa.
29. oktoobril 2023