Teadusliku ja alternatiivse meditsiini üheks põhimõtteliseks erinevuseks on nende suhtumine olemasolevatesse meditsiinilistesse teadmistesse. Teaduslikus meditsiinis on teadmised ja nende rakendamise meetodid suhtelise iseloomuga ses mõttes, et pidevalt tegeldakse nii olemasolevate terapeutiliste meetodite kvaliteedi hindamise kui uute veelgi tõhusamate võimaluste otsimisega. Vajadust arstiteaduse pideva edendamise järele on rõhutatud läbi aegade erinevates arstieetika dokumentides, sest see võimaldaks ju meditsiinil senisest paremini erinevaste tervisehädadega toime tulla. Alternatiivmeditsiini erinevad suundumused põhinevad veendumusel, et nende suund on teatud olukordades just see kõige sobivam ning süstemaatilisel ja kriitilisel moel ei vaevuta seal oma tegevusi analüüsima . Viimased kümme aastat on teadusliku meditsiini keskseks doktriiniks on olnud tõenduspõhine meditsiin, mida David Sackett kolleegidega on defineerinud kui parimate olemasoleva tõendite vastutustundlikku, sõnaselget ja kaalutletud kasutamist konkreetseid patsiente puudutavate meditsiiniliste otsuste tegemisel. Muidugi tekib sellise määratluse korral paratamatult küsimus, millised on need parimad olemasolevad tõendid? Tõenduspõhise meditsiini ideoloogid on välja töötanud erinevaid tõendeid reastavaid astmestikke, mille alumises otsas paiknevad harilikult juhuanalüüsid ning ekspertarvamused ning tipus „kuldseks standardiks” peetavad randomiseeritud kliiniliste uuringute tulemused. Samas kaasnevad parimate tõendite hankimisega ka paratamatult eetilised probleemid, sest nii arstid kui patsiendid on sellisel juhul keerukas arsti-uurija ja patsiendi-katsealuse topeltrollis, kusjuures terapeutilise suhte eesmärgiks on konkreetse haige tervise edendamine, kuid teadusuuringute eesmärgiks hoopis uue teadmise hankimine kogu meditsiini ja seeläbi ühiskonna hüvanguks. Randomiseerimine (katseisikute juhuslik sattumine erinevatesse katsegruppidesse), platseebo kasutamine kontrollgrupis ning topeltpimendatud katsekorraldus (ei uuritav ega katse läbiviijad ei tea, millist konkreetset menetlust konkreetsel uuritaval kasutatakse) on kindlasti sellised olukorrad, kus katsealune ei pruugi saada just seda ravimeetodit, mida ta isiklikult või tema arst talle kõige sobivamaks peab. Kindlasti aitab sellisel juhul eetikaprobleeme leevendada uuritava kvaliteetne informeeritud nõusolek uuringus osalemiseks ja inimuuringute eetikakomitee uuringu eetiliste aspektide analüüsile järgnev heakskiit. Seega on arst on teadusuuringu läbiviijana pandud olukorda, kus ta peab tagama sobiva tasakaalu üksikisiku ja ühiskonna huvide vahel. Samas nõuab teinegi kord meedikult suuremat pingutust suhtuda kriitiliselt harjumuspärastesse ravimeetoditesse ning vahetada need võimalusel tõhusamate vastu.